新语丝的功能和目的，我总结了两条，第一是科普，第二是打击学术腐败。两者之间既有密切联系，也有些区别。科普的目的是让普通人摆脱旧的不科学的思维方式，提高科学素养；打击学术腐败的目的则是为了纠正专业科研人员在进行科研时候的不正之风，提高科研成果可信度。科普和打击学术腐败哪个更难一些呢？
打击学术腐败面对的主要是某一个具有独立法权的个人或者机构。因而势必遭到对方的强烈反对。与这些人相比，我们掌握相对来讲很雄厚的舆论武器，而且普通网民普遍存在对权威的不信任，看到某某权威倒台，他们都会幸灾乐祸，所以这时候是可以获得他们的舆论支持的。在进行打击学术腐败中，新语丝在舆论开始阶段具有压倒优势。
但是，当面对法律时候，我们又具有先天劣势。拿八卦宇宙论来讲，虽然我们谁都知道八卦宇宙论是荒谬的学术。法院本身却并没有判断一种学说科学性的能力和权力，所以法院的着眼点并不是八卦宇宙论本身正确与否，而是方舟子是否损害了刘子华的名誉。这就是说，他们认定方舟子是在以平等身份和刘子华等人讨论学术问题，而方舟子以损害人名誉的方式进行学术恐吓。这样肯定是要败诉的。
另外，有些人在造假的时候，并不是在论文上编造那种简单可辨的方式。而是采用模糊的方法进行。他说他是全国前十、是知名学者、是受某某团体表扬过的，或者我们觉得可笑。但又找不到他不是的确切证据。这在法律上也是要吃亏的。新语丝打假多年，总体而言胜利的例子远多于失败的例子。但是在胜利的时候，新语丝作为公益单位，是没有利益收获的。在失败的时候，尤其是要面对赔款的时候，则是作为独立法人要往外掏钱，有那么几次就有可能倾家荡产。
除非新语丝能够获得足够的财力支持，否则很可能走向穷途末路。财产要向谁获得呢？一般情况下，新语丝的忠实读者都是些科研人员。而这些人恰恰境况都不怎么宽裕，资金有限。即使捐款数额也有限。所以，最好还是希望新语丝能够获得一些财团或部门的财力支持。
再说说科普。科普说起来挺简单，但科普最大的敌人是科普对象数量巨大。不可否认，经过这么多年的科学教育，今天的中国人已经有了一定的科学精神。是相信科学的。但同时也存在着怀疑科学的思想，绝大多数人脑子里面都常常有传统思维的影子。我接触到的人都是这样的。我现在在广东，感觉广东人对凉茶简直奉若神明，只要身体有些不适，就会被判断为上火，就会有人建议我去喝凉茶。这是传统的力量。我总不能去给每个人争论凉茶的科学性吧，所以虽然我博客里充满了对中医的否定性文章，在平时生活中则极少对人提起。我撼不动。
“传统”，在一个民族主义高涨的今天，就意味着民族特点，意味着“民族遗产”。所以在反对中医的时候，压力巨大也就很好理解了。所以我说现在提出中医时机不好，还不如民国时期。现在国家越来越富裕，也就意味着包容性越来越强。今天充足的社会财富，让人们认为包容中医并不会对科学发展构成障碍。我们考虑问题是从中医科学性进行考虑的，而别人则是从文化角度考虑的。而且，在面对文化的时候，我们又成为了舆论劣势。因为对方出现了一个拥有强大舆论武器的阶层，记者。记者们多数是文科出身，他们对科学并没有深刻的理解。再加上记者投观众所好的特点，他们很快就站在了反对抨击中医的阵营中。这就造成了在宣传上的不利。
科学的敌人除了传统以外，还有鬼神。有神论和科学绝对是对立。但我们每个人又总不能摆脱鬼神的影子。如果遇到某些佛像、咒语，我们很难让自己摆脱心理暗示的阴影。这尤其显示在“风水”上。大家的观点是宁可信其有、不可信其无。这便是风水赖以存在的土壤。
科学是真理。对科学的信仰，让我们先天产生了对一切不合逻辑的事情的反感。相对于科研打假而言，科普的难度无疑更加艰巨。因为科普的对象是普通人。他们对科学的理解并不统一。最好的办法还是拿出真凭实据，证据充分了，就比较容易破解一个个谣言。中央电视台的走进科学栏目这一点是好的，都会进行调查。最终发现了很多谣言的原理。比如所谓长白山天池水怪，有些就是乌龟，另外则有朝鲜方面的快艇。
现在科普的对象和打假的对象有联合的趋势。中医的保护者们目前对方舟子打假官司的失败无不欢喜雀跃。这是树敌太多的缺点。反对中医所带来的敌意逐渐掩盖了科学打假所带来的光辉，这是很不利的消息。
